imagej细胞计数（迅速树突棘密度剖析办法及细胞计数）
树突棘（Dendrite spine）是位于神经元树突上形成突触的部位,与学习记忆亲密相干。树突棘存在以下4种形态：瘦长型、蘑菇型、短粗型及丝状伪足型。其中瘦长型与丝状伪足型被以为是不成熟状况，短粗型与蘑菇型为成熟型。
高尔基染色（Golgi staining）应用神经元的嗜银性，可以很好的显示神经元的形态以及树突棘。虽然树突棘的数目不能直接与突触运动的数目直接相干，但树突棘密度剖析可以用来评估突触的衔接性以及突触可塑性变更的进程。
因此树突棘密度剖析普遍存在于神经科学研讨之中。然而手动树突棘计数耗时且不同视察者之间存在显著的差别。2021-09-28 给大家分享一种迅速的树突棘密度剖析的评估办法以及细胞计数的办法。
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应用工具：
http://imagej.net/Downloads ，实用于多种操作体系。
剖析步骤：
Step1：从高尔基染色图片中截取待剖析树突：
打开Fiji，File，Open待剖析的树突棘图片（以DG为例）。
将图片由RGB图像改为灰度图片：Image，Type，8-bit。
转换图片为二值化图片：Image，Adjust，Threshold（调节阈值至树突及树突棘完整选中），点击Apply二值化完成。
二值化图片如下（非黑即白，灰度值为0或255）：
Step2：校订标尺：点击Straight工具
、按住Shift在标尺上画直线
Analyze，Set Scale，在已知距离中填入10 m，选择Global则校订标尺对本次打开所有图片均有效。此时也有Step1中226 x 61 pixels变为下图的40.36 x 10,89 m。
Step3：骨骼化已经二值化的图像：Pro百思特网cess，Binary，Skeletonize，得到骨骼化图像。
消除标尺，避免其干扰树突棘计数：File菜单下矩形选框选中标尺地位，如下图。
Edit，Clear（消除选框内的内容）：
Step4：由骨骼图像剖析树突棘数目：Analyze，Skeleton。选择如下，点击OK。
得到成果：
End-point voxels共有25个，既有25个树突棘（上图中蓝色点）。
成果往右拉可以看见最长的路径为45.31 m（树突的长度），即本图像的树突棘的密度（Spine density）为25/45.31=0.55 /m百思特网，一般统计时百思特网纵坐标为Spine density （Spines /10 m），本图像为5.5 /10 m。
为了验证本办法的精确性，对本办法与手动计数办法进行了研讨，Bland–Altman comparison表明，本办法与手动计数具有一致性。
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刚刚给大家分享一种迅速的树突棘密度剖析的评估办法，现在我接着以高尔基染色的树突棘以及细菌菌落为例来给大家分享一些细胞计数的基本知识。
1、 手动树突棘计数
手动计数相较主动计数办法耗时耗力且不同剖析人员间存在主观差别，但其长处是有更好的准确度，也实用于一些图片不能进行主动计数的情形。
打开ImageJ软件，File，Open打开须要剖析的图片：
点击point工具，右击，选择Multi-Point工具
依据肉眼断定，依次鼠标右击进行计数（考验手速）：
点击Analyze，Measure，可以看见此时计数数目为16个。当然也可以看最后右击时的数字即为树突棘总数。手动计数树突棘的计数操作与其他细胞类型的计数办法一致。
2、 Cell Counter插件进行手动计数
当须要计数的细胞有很多类型时采取上述办法1中Muliti point就不实用了。我们可以应用Plugins，Analyze，Cell Counter(原创版权www.isoyu.com)进行计数其长处是可以标志不同细胞的类型。其界面如下：
具体办法就是打开须要剖析的图片，点击Plugins，Analyze，Cell Counter，点击Initialize，选择不同的类型（图中Type1——Type8）可以对不同类型的细胞进行计数。
本办法可以同时对不同类型的细胞进行计数，比如瘦长型、蘑菇型、短粗型及丝状伪足型4种不同类型的树突棘，可依据最开端的形态学图像的特色进行判别。点击Cell Counter中的Results就可以看见不同类型细胞的数目了。
3、 主动计数
树突棘一般采取手动计数，2021-09-28 开端给大家介绍的迅速树突棘密度剖析办法是比拟快捷的办法。现在以细菌菌落为例示例主动计数根本进程。
打开图片：
转换RGB图像为灰度图片：Image，Type，8-bit。
阈值选定，Image，Adjust，Threshold，阈值选定，红色代表选中。
皿边沿高亮部分影响菌落的选中，应用椭圆选框大致选中菌落所在区域。
Analyze，Analyze particles，选择如下，点击OK，得到计数成果：