水培使花卉摆脱了土壤病虫害的侵害，但仍然会受到摆设环境病虫害的侵害。空气中的真菌、细菌、病毒仍可浸染水培花卉的茎叶，使其受到不同程度的病变。蚜虫、介壳虫可随风飘至室内，降落到水培花卉上刺吸汁液。飞蛾在花卉上产卵，孵化成幼虫，也会咀食花卉的嫩叶、茎尖。脱盆洗根改为水培的花卉，同样会带有真菌、细菌、病毒、虫卵、幼虫等，若不仔细检查清除，会留下(www.isoyu.com原创版权)隐患。
【/h/】由于水培花卉特殊的装饰环境，一旦发生病虫害，不宜使用化学农药杀虫，也不宜使用大剂量杀菌剂杀菌。这些药物虽然能杀虫杀菌，但也污染环境。因此，水培花卉可能发生的病虫害应优先预防。
选择水培花卉时，尽量选择植株健壮、生长旺盛、无病虫害的花卉。如果在维护过程中发现害虫，可以手动捕捉或用自来水冲走。水培花卉的沉浸病很少见，只有少数叶片有褐色病变，枯萎坏死，或不规则湿渍，是真菌或细菌形成的。发现后，应将整个病叶切除烧掉，以免扩散。断根水培花卉可通过植株再生进行处理。上端完整的枝条从茎节下端3厘米处剪下，插入清水中。经过一段时间的维护和管理，新的根可以生长并成为独立的植物。