北京小菊从母株采芽、扦插、成苗到开花，整个生长发育期，都有虫害的发生。危害较为严重的主要有蓟马、菊姬蚜、菊天牛和菊瘿蚊四种。
首先，蓟马
蓟马可危害菊花、玫瑰等50多种花卉，也可危害萝卜、白菜等。若虫和成虫吸食花汁，春季为害京小菊母株和扦插苗，叶片受损不均匀，有银白色和暗褐色斑点。严重时，叶子会变黄，影响生长发育。蓟马一年发生几代，以雌成虫在菊花茎和疏松土层中越冬。菊花母株3月发芽后，成虫开始活动产卵，若虫危害菊花母株幼叶。据1997年调查，3月中下旬开始有大量若虫危害北京小菊的母株和扦插苗，应及时防治，否则防治不及时，将严重影响菊花的早期生长。
防控措施；
1.改变生态环境，减少蓟马。月季和菊花不宜间作，盆栽月季和菊花不宜混用，否则对蓟马有利，尤其是秋季萝卜或白菜间作时，翌年蓟马发生严重。
2.若虫可喷40%氧乐果1000次。
3.在温室越冬菊花的母株区，可埋15%杀铁克，每亩1-1.5公斤，结合灌溉杀死越冬蓟马。
二、菊花蚜虫
菊花、野菊花、胡芦巴是北京的主要危害。在北京每年发生10代以上，无翅雌蚜在母株和泥萝卜的腋部越冬。北京的小菊因其早期萌芽而遭受严重破坏。繁殖和为害高峰期在4月下旬至5月上旬。主要分布在芽、嫩点和叶片中吸汁。受害者较嫩，稍有卷曲，不仅影响植物生长，还会因蚜虫排泄蜜露而引起煤烟斑和病毒传播。由于5月份干旱少雨，天敌受到抑制，有利于蚜虫的发生。
预防和控制方法:
1.消除小菊主产区杂草，尤其是胡芦巴，减少菊蚜越冬寄主。
2.保护天敌，主要是瓢虫和小卷蛾，喷洒植物杀虫剂保护鸟类1000倍或15%蓖麻油烟碱乳油800倍-1000倍。
3.1000次喷洒40%氧乐果，2000次喷洒菊莎乳油，可用于特别严重的小区防治。
三、菊天牛
桑天牛主要危害菊花、野菊花和艾叶，北京小菊危害最大。据调查，近年来桑天牛时有发生，但并未引起人们的关注和重视。桑天牛的发生正在北京迅速蔓延。桑天牛在北京地区一年发生一次，以成虫在小菊或艾叶根际附近越冬，次年4月初开始移动，直至5月中下旬，5月初达到高峰。成年人有假死。5月初，幼虫孵化，先在同一个地方吃东西，然后吃下去，9月化蛹，10月出成虫。小菊露地栽培年限越长，越冬虫源基地越多，小菊发芽越早，危害越严重。4月下旬至5月上旬阴雨天气有利于成虫活动、交配、产卵、孵化和危害。
预防和控制方法:
1.消灭越冬寄主，减少害虫越冬基数。寄主艾叶在小菊母株区清除，露地栽培3年以上后再生。向根际施用系统杀虫剂。
4月下旬至5月上旬，喷洒800倍40%氧乐果溶液。防治时间为上午，可喷药2-3次。人工捕捉也可以在母株区使用。防治卵、幼虫，要及时切断嫩枝、萎蔫，深埋。也可以用40%的甲基异噻酮灌溉根系1500次。
四.菊花瘿蚊
菊瘿蚊是近年来危害严重的害虫，主要危害小菊顶部和叶腋芽，形成瘿蚊。受损严重时，虫率在90%以上。苦胆会破坏顶芽和侧芽的营养和生殖生长，严重影响花芽的形成，对山茶花的生产构成极大威胁，降低菊花的观赏价值。每年在北京发生3-4代，以幼虫在土壤中越冬。成虫出现在次年4月上半月，5月上半月出现大量虫瘿，5月中旬化蛹。第二代瘿出现在8月。第三代在9月上旬，10月幼虫入土过冬。由于每年气候条件不同，发生时有轻有重，尤其是5-6月份，天气少时发生轻，多雨天气有利于瘿蚊的发生。
预防和控制方法:
1.减少越冬基地和越冬场所，清(原创版权www.isoyu.com)除残留植物，尤其是露地种植小菊3年以上。
2.采瘿，特别是越冬代瘿出现后，要及时采摘和焚烧。
3.菊花的瘿瘤最早出现在生长季，根部灌40%氧乐果1000次或甲基水胺硫磷1500次。