无论看起来多清澈的水，都可能含杂质和细菌。其中，杂质的主要成分是矿物质、铁锈等，(www.isoyu.com原创版权)会沉淀形成水垢，其本身对健康影响不大，但如果长期、大量积累在饮水机中，则会对健康产生不利影响。同时，还会影响水的流动性，为细菌繁殖创造条件，人们喝了细菌超标的水，可能引起腹泻等问题。建议平时使用饮水机注意以下三点。
首先，增加使用频率。《吕氏春秋》说:“流水不腐，户不毒”，意思是流水不臭，频繁旋转的门轴不被虫吃。经常使用饮水机相当于经常用自来水冲洗，可以减少水垢沉积和细菌繁殖。平时用的少的家庭，每周要洗一次；如果是每天频繁使用，1~2个月清洗一次。
其次，及时清洗水龙头和水槽。饮水机的水龙头和水槽经常与空气接触。如果杯子里的牛奶、果汁、咖啡在接水的时候接触到水龙头，要及时用清水洗净晾干。水槽里应该没有茶之类的异物。当污渍出现时，应去除并清洗，或每周清洗一次。
最后，每2~3个月清洗一次水箱连接。有时候桶装水看起来是空的，但是水桶的水箱里还有积水，接触空气后会加速细菌的繁殖，所以每次换水前都要把水排掉。一般建议每2~3个月清洗一次连接槽。如果换水时发现连接槽内有白色或黄色水垢，应及时清洗。操作方法:先阅读清洗说明，然后切断电源，排干水槽中的水，再用专用清洗液清洗。如果水槽外壳可以拆下来，建议用水冲洗几次，然后晾干；如果脱不下来，用洗洁精清洗，加清水，然后用水龙头排出，直到没有异味。长期不用的饮水机可能会有大量细菌堆积，应由专业人员清洗，以免损坏机器。
另外，饮水机的水流减少，沸腾时间延长，这些都是饮水机发出的“清洗信号”。打开或关闭饮水机热水开关的习惯会加速水垢的积累，缩短机器的使用寿命。建议需要热水时最好再加热。
有些家庭使用过滤式饮水机，不能拆卸清洗。建议按说明书清洗，每1~2年更换一次滤芯，清洗时注意清洗机器表面。