瓜叶菊主要病虫害有白粉病、黄萎病、蚜虫等。
(1)葫芦科白粉病。苗期和花期，如室温高、空气湿度大，叶片上最容易发生白粉病，严重时可侵染叶柄、小枝、花芽等。开始时叶片出现零星不明显的白色斑点，发育后整个叶片被灰白色的白粉病层覆盖。植株受损后，叶片和嫩梢扭曲萎蔫，生长势弱，有的根本开不了花。病情严重的时候。它导致叶子枯萎，甚至整株植物死亡。
防治方法:①保持室内良好的通风条件，增加采光；②控制浇水，适当降低空气湿度；③发病后立即摘除病叶，及时喷洒50%多银灵1000倍液或800-1000倍托宾液，防止传播。
(2)南瓜黄萎病。这种疾病主要是由病毒病原体引起的。受害植株分蘖能力强，花序伸展受抑制，颜色(www.isoyu.com原创版权)为绿色，发育异常，偶有花朵过度生长。病毒通常由叶蝉传播。
防治方法:①生长期可适当施用钾肥，增强植物抗病性，减少病毒感染的机会；②喷洒0.5%高锰酸钾溶液消毒可起到预防作用；(3)发现植物感染病毒，应立即拔掉患病植物并烧掉，以防传播。
(3)蚜虫。如果生长期通风不好，往往会发生蚜虫为害。虫害严重时，喷洒40%乐果1500-2000次进行防治。