菊花锈病有黑锈病、白锈病、褐锈病等，都是病菌孢子传染的，气候湿润时容易发病。主要发生在叶片，也为害茎杆，菊花患病初期叶面产生淡黄色斑点，然后隆起呈淡褐色至铁锈色的疱疤状物，由白色逐渐变为黄褐色，而叶正面则为淡黄色斑点，且较微凹陷，不久疱疤突起开裂，在生长中后期的锈褐色粉（病菌、孢子堆）散出，散发出大量黄褐色粉末状孢子。严重时，菊叶上布满病斑、叶片卷曲，叶色黄褐，植株生长不良、衰弱，并且大量落叶。
(1)黑锈
黑锈病是危害最大的锈病之一。开始时，叶表面出现小而苍白的斑点，逐渐扩大成略圆的突起，叶背相应部位出现褐色或深褐色的水泡斑。很快，叶背表皮断裂，产生成堆的橙黄色粉末，成为病菌的夏孢子，而在生长后期，出现暗褐色或暗黑色的椭圆形肿斑。破碎后，栗色或黑色粉末作为病菌的冬季孢子散落。散落在风中，大面积感染。后来叶片上出现了黑色的椭圆形斑点，叶片背面表皮破裂后出现黑色粉末。严重时，整株植物自下而上感染，最后叶子干枯。
(2)白锈
叶表面出现灰白色圆形斑点，叶背出现白色或灰白色水泡，后期变为淡褐色或黄棕色，为病原菌冬季孢子堆。一片叶子甚至整片叶子上可能有很多病斑，严重时可能导致菊花植株死亡。比黑锈危(www.isoyu.com原创版权)害更大。
(3)褐锈病
叶片表面密集分布浅棕色或橙黄色斑点，产生黄色叶片。
铁锈是一种真菌疾病。引起菊花锈病的病原有菊花茎锈病、菊花茎锈病、蒿层锈病三种，其中前两种较为常见。病原体为担子菌亚门，白锈由柄锈菌引起。冬孢子椭圆形，棒状至纺锤形，黄褐色，顶端有突起和双胞，分离处稍收缩，茎狭窄，表面光滑。而且黑锈是菊柄菌引起的。病原菌一般在植物新芽中越冬，随着菊花幼苗的繁殖而传播。致病菌凉，不耐高温。9-12月份发病频繁，6℃以下或31℃以上不易感染。温暖潮湿的季节有利于疾病的发生。它们最容易发生在湿度高、光线不足、通风不良、昼夜温差大以及10-24℃、寒冷、多雨和温暖的夜晚的条件下。菊花品种对锈菌的抗性不同。从上海引进的品种如白静、新兴白静、晁红佰等受感染严重，而桃金山、麦基等抗病能力较强。
预防和控制方法:
1.雌株应无病虫害，扦插时用代森锰锌溶液浸泡插条可防止带菌插条繁殖。
2.实施检疫。特别是引进日本品种或从日本引进菊花苗、插条时，要严格检疫。
3.发病初期喷洒15%粉绣灵1000倍液、25%维绣灵1500倍液、80%代森锌500-700倍液、0.5波美度石神合剂。另外可以喷3-4波美度石硫合剂一次发芽。80%代森锰锌500倍液、25%三唑酮可湿性粉剂1500倍液、20%萎凋乳油400倍液、25%甲霜灵可湿性粉剂800倍液、5%甲霜灵可湿性粉剂600倍液和75%百菌清可湿性粉剂500倍液每7-10天喷洒一次，交替使用
4.选择抗锈病品种和无病母株。避免密植，控制肥水，防止土壤过湿。雨天应排干田间积水，避免病菌随水飞溅传播。开花后，应彻底清除患病植物的叶子，并集中焚烧，以消除传染源。
5.清理花园。去除病叶、植物、残体，集中焚烧。轮换。避免换土连作和盆栽。选择高干地和肥沃的沙壤土种植。保持良好的通风和充足的光线。肥料应该充分分解以促进植物生长。